法人の青色申告の取り消しは法人税法第127条1項の各号に定められています。

帳簿書類を税務官吏に提示しない場合や、税務署長の指示に従わない場合に青色申告の承認が取り消されますが、実務で一番多く遭遇するのが、2事業年度連続して期限内に申告書を提出しない場合です。この場合は、当該2事業年度目以後の事業年度は、青色申告の承認が取り消されたもの（白色申告）になります。
青色申告が取り消されると「青色申告の承認の取り消し通知書」が届き、その通知書が届いてから1年間は再度、青色申告の承認申請書が提出できません。青色申告の承認申請は新設法人を除いて、提出した事業年度の翌事業年度から承認されますから、取り消されると実質2事業年度は白色申告ということになります。

個人事業者の青色申告の取り消しも法人の場合とおおむね同様です。