従業員さん本人に交付する源泉徴収票や支払通知書にはマイナンバーを記載しなくてもよいとの正式な文書が国税庁より公表されました。漏えい防止の措置です。
国税庁該当ページ（PDFファイル）

ただし、税務署提出分に関してはマイナンバーの記載が必要です。